基于质谱的定量蛋白质组学技术与应用

随着质谱仪器的不断更新换代，蛋白组学的技术也不断的革新，从最早的2-D电泳技术到基于LC-MSMS的蛋白定性；从Labelfree 技术到标记定量iTRAQ/TMT技术以及时下备受推崇的DIA/SWATH技术、PRM/MRM技术，每一次的技术革新都使得蛋白组学研究更上一阶。

当下蛋白组学研究中应用最广泛的技术是同位素标记定量（iTRAQ/TMT技术）。iTRAQ/TMT技术是利用DDA扫描模式，其扫描的方式是将一级质谱信号最强的Top 20的多肽进行二级打碎，然后进入二级质谱进行检测。其优势是二级谱图采集的肽段信息都来源于同一条多肽，有利于后续的定性分析；但是对于大样本量的组学实验，iTRAQ/TMT技术也存在一定的通量限制。在这样的需求下，DIA隆重登场。

蛋白验证对于蛋白组学研究来说也是一大难题，以往总是要用抗体去验证蛋白，但是由于抗体的定制难度，在非模式物种中的应用一直无法进行。那有没有一个技术不需要蛋白抗体就能验证蛋白呢？有的，PRM技术。

PRM:平行反应监测(Parallel Reaction Monitoring) 是一种基于高分辨、高精度质谱的离子监视技术，能够对目标蛋白质、目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/肽段进行绝对定量，因此也被称之为基于液相色谱质谱联用技术的Western Blot（LC-MSMS based Western Blot, L-WB）。

PRM技术是基于质谱的靶向验证蛋白组学技术，完美的替代了基于抗体的Western blot、Elisa等技术。