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单细胞转录组是指某个细胞在某一生理功能状态下所有转录的mRNA产物的集合，是基因组遗传信息传递和表达的重要步骤和过程。在此单细胞水平对mRNA进行全转录组扩增及高通量测序就是单细胞转录组测序，可研究单个细胞内的整体基因表达情况，以及基因的结构变异。此技术可成功解决细胞分子机制研究中常见的细胞异质性、细胞量少而无法进行常规高通量测序等难题。
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